大学校内管理体制改革，经过多年特别是近几年的探索和实践，业已取得不少成效。但面对现实，我们也应看到，大学校内管理，在能够使学校主动适应整个社会改革和社会发展之所需，能够充分调动师生员工的积极性，基层的主动性、创造性，能够进一步解放和发展大学生产力，能够面对社会迅速变化而快速反应，能够最大限度发挥学校人、财、物、信息等各要素的时空协调、输出最大效能等方面，仍存在着诸多不足。这固然有多方面原因，但笔者认为，大学还没有真正形成以院（系）为中心的管理体制，是其关键要素。要把长期以来形成的以学校（实质上在一定程度上说是职能处室）为主体，转变为以院（系）为中心的管理体制。
以院（系）为中心的大学校内管理体制，是指院（系）在学校总的目标、原则指导下，拥有足够的与它担负的责任、任务相一致的权力，与担负责任、任务相适宜的利益，真正成为充满活力的办学实体。实施这一管理体制，更符合管理科学的原则及教育的自身规律。
（一）权责对等、分权与授权是管理科学所确认的管理原则。管理科学认为权责对等就是要求所承担工作的责任范围与其在职责范围内的支配力量相辅相成，只有做到了权责对等，才能真正调动组织成员的积极性。管理者要对下属进行适度的分权与授权，组织内最高管理层应将决策的部分工作分配给下属管理层，并正确授权，这不仅有利于组织内部的信息沟通，而且也有利于创造职工参与管理的机会。建立以院（系）为中心的管理体制，显然符合管理科学的这二项原则。
（二）院（系）是大学按学科、专业性质所设置的具有教学、科研、社会服务三项基本功能的基层组织。它是大学最重要的构成部分，是学校教学、科研、学科建设、学生工作等整合一起的实施单位。院（系）既是教学、科研单位，又是一级行政组织。它既无繁杂的机构设置，又是一类学科、专业群的集合，可以调动和组织起有效力量。由此可见，大学的宏观管理目标确立之后，从单位来看，实现学校发展的最主要依托在于院（系）。
（三）院（系）直接面对教师、学生，对师生服务、管理、组织无任何中间环节，而且师生对于自己所在院（系）比对学校更具有强烈的认同感。一所大学要持续、快速发展，必须使教师、学生成为学校一切工作的主体。唯有此，师生才会有责任心、进取心、会对学校主动负责。很显然，确立以院（系）为中心，必然进一步调动师生的积极性，推动学校各项工作的蓬勃发展。
（四）建立院（系）为中心的管理体制，有利于进一步理顺校、院（系）关系，减少管理环节和信息流动的障碍，实现管理层次和管理幅度的优化。会大幅度减少那种因权力集中在学校职能部门而容易形成的时而推倭、扯皮，时而都要掌握一方阵地却又对基层情况不甚清楚且囿于条条框框，造成运转不灵、矛盾较多、效率低下的状况，同时也促进职能部门更好地进行调查研究，加强自身建设，面向基层、服务基层。有利于学校领导从繁杂的具体事务中解脱出来，集中精力研究部署全局的改革和发展工作，使学校的整体管理更具有全局性和前瞻性。有利于师生参政议政，促进民主决策。
这种体制的建立，会增强院（系）的责任感，充分调动和发挥院（系）的主动性、积极性、创造性，使其开拓创新能力得以张扬，挖掘其最大潜能，不断提高教学质量、科研水平和办学效益。
当前，为数不少的大学管理重心上行，以校、职能处室为中心，而造成学校管理计划经济色彩浓厚，师生员工积极性受到抑制，院（系）自觉性、主动性不高，其压力、动力不强，因地制宜开展创造性工作甚少。这从反面也说明，加快建立以院（系）为中心的大学校内管理体制迫在眉睫。
以院（系）为中心的大学校内管理体制，主要从以下几方面加以建构。
（一）简政放权、重心下行。学校要充分信任作为一级组织的院（系），他们充满着对自己院（系）及学校事业发展的强烈责任感，拥有处理所涉及事务需要的水平与能力。而且他们又处于教学、科研等学校工作的第一线，对自身各方面情况非常了解，这比学校或职能部门直接处理事务，效果会更好。有了并坚定这一认识，学校就要简政放权，赋予院（系）在人事、财务、教学、科研、学科建设、学生工作等方面独立自主的权力，使其具有更大的活动空间和工作自由度，特别是要把那些过多地集中在职能部门的权力移置到院（系），并大力削减职能部门及其工作人员，一部分机关人员充实到院（系）。机关职能部门的职责要从学校某一方面权力的代表者、执行者，转变为以调查研究为基础、提出建议为学校领导服务，铺路搭桥、排忧解难为院（系）服务，以及适当地对院（系）监督和协调。同时，学校在管理方式上不要过多面对职能部门、把职能部门作为第一要素，再由他们去面对院（系），而是要直接面对院（系），置院（系）为第一要素。
（二）实施目标管理。这里所言实施目标管理有二层含义：一是大学对院（系）实施目标管理，二是院（系）的管理也应以目标管理为主。大学对院（系）从过程管理转变为目标管理，即院（系）提出每学年度及一个时期改革和发展、教学、学科建设、科研、产业、思想政治教育、学生工作等方面所要实现的目标，经学校领导、学校组织的有关专家委员会加以论证确立。学校考评院（系）的工作，就以其是否实现或超额完成目标为最核心、甚至是唯一的标准，至于在实现目标的过程中，除非有重大事项，学校一般不对院（系）进行干预。
院（系）的自身管理，除极少个别的如教学秩序事务需必须进行过程管理外，绝大多数事务都要实施目标管理。实施目标管理，提供一个宽松、自由的环境，对于广大师生来说，比那种过死、过细、实质上有呆板、形式主义之嫌的管理，更易调动他们的积极性，充分发挥他们的聪明才智，使他们自觉履行自己的义务，承担起自己的责任，加倍努力去实现目标。
（三）实行经济大包制。学校对院（系）实施经济大包，即学校除提留一小部分经费用于公共事业、职能部门及部分教辅单位的开支，以及根据院（系）目标完成情况用于奖惩的宏观调控外，将大部分经费（包括教育拨款、学杂费教育事业等收入），按照以各院（系）学生人数为主、学科、科研等情况为辅的指标体系，划拨各院（系），院（系）承担人员工资、教学、学生事务以及各院（系）相互之间的上课、实验的收支。
这种经济大包，使院（系）在财务上具有独立的权力和大的空间，为院（系）在制定、实施各项政策，开展各项工作提供了一个保障的平台，为院（系）成为相对独立的办学实体打下坚实的基础。这种经济大包，有助于院（系）开源节流，提高效益，改善师生待遇，也有助于促进资金的使用更有效、更合理。这种经济大包，再辅之于学校资产院（系）小额度有偿使用的机制，可以促进学校教育资源的优化配置与合理使用。
（四）建立系列配套制度。学校要出台系列规章制度，特别是明确院（系）的职责、权限，尽可能、最大限度地确立院（系）所能决定的事项，以确保院（系）为中心的管理体制的运行。同时，要有相应的宏观调控制度，尤其是政策的导向、控制，使院（系）不偏离学校的中心工作，院（系）工作的出发点、归宿点以学校大局为重，以保证这一体制有序运行、健康发展。
学校特别是院（系）要建立科学的考评制度。考评是管理的一个核心环节，它尤其是对于实施目标管理来说更加关键，是衡量是目标管理或是放任自流的一个分水岭，而且考评还是分配、奖惩的依据，这对于建立一支精干、高效的教师、管理队伍具有十分重要的作用。实施院（系）为中心的校内管理体制，无论是学校对院（系），或是院（系）对师生员工都需要一个科学、合理的考评制度，对院（系）来说显得尤其重要。院（系）的考评制度，不但要有量的考评，而且更需要有质的考评。不能简单地按同样标准进行"好"、"一般"等定性分级，而要对不同人员实施不同的考评标准，全面实施各类人员职务、职称职责条例，如对教师的考评，在确定一学年完成的工作量、思想政治要求基本前提下，对于助教、讲师、副教授、教授，要在学术论文发表及发表的层次、被检索情况、出版专著、获国家、省部级等奖励、科研经费、教学改革等方面提出不同的要求。考评结果大力度地与晋级、奖惩、岗位津贴挂钩。