随着我国高等教育布局结构调整的基本结束，一批学科门类齐全、综合实力具有明显优势的综合大学应运而生。到2000年底，已有556所高校先后合并组建成232所新校。可以预言，再经过若干年的磨合发展，这批学校中会成长出具有世界一流水平的大学。当前，摆在这些学校面前的困难和问题还很多，其中最关键的是要通过机制创新，建立一流的管理体制和运行机制。
一、多年来形成的教育管理体制仍然在束缚高等教育的改革和发展
从发展历史来看，这批学校大致有如下特点：一是学校的整合是政府行为，所形成的综合大学是由多所单科或多科大学合并而成。二是被整合的学校多数成立于50年代，大都具有相当的规模，并已形成了自己的办学特色。三是学校规模大、学科门类齐全、多校区分布。新组建的大学既有强-强联合，也有强-弱组合，因此其管理模式既不能完全照搬西方，也不能完全沿用合校前某一学校的管理模式，必须建立一种适合我国国情，又符合现阶段综合大学实际，同时与社会主义市场经济体制相适应的大学内部管理体制和运行机制。
经过共建、调整、合作和合并，对高校实行以地方管理为主，中央和地方两级管理体制的基本框架已经初步形成，但在对学校的具体管理上，仍然没有完全摆脱计划经济体制对学校的束缚。其表现为：（1）权力高度集中。国家主管部门集举办权、办学权、管理权于一身，高等学校只需服从于政府，无需了解社会需求及劳动力市场的变化，从而使高校的权力与义务严重分离与失衡，影响了学校及领导进行制度创新与体制创新的积极性。另外，由于政府及教育主管部门忽略了地区、行业及学校之间的差别，制定了统一的政策和发展规划，极大地限制了学校之间的竞争和教育资源的优化。（2）主体颠倒。在原有体制下，学校只是教育主管部门的附属机构，办好学校的关键是政府，较少依靠大学校长及其广大教师。就高校内部来看，各类行政人员也自然而然地成为主体，成为支配学校运行的核心和主角，并由他们指挥教学和科研人员，严重影响了教师和科技工作者进行学术创新和管理创新的积极性。这是因为高等学校的主要功能是培养人才、科学研究和提供社会服务，这些功能是通过教师的劳动来实现的，当学校人事、财务、资金管理由于机关化和行政化而与实现学校宗旨不相适应时，势必影响广大教师和科研人员进行创新的积极性。（3）管理方式行政化、机关化。由于高等学校管理的高度集中及主体的颠倒，学校内部管理人员行政化、机关化已成为一种普遍的现象，并对学生的学习也产生了深刻的影响。
二、深化体制创新，加速一流大学的建设步伐
政府对学校合并的方案，是从理顺关系、调整布局结构的大前提出发来考虑的，因此“并”的问题是由政府确定的；但是对于并校带来的多校区如何管理、院系如何设置、学科结构如何优化等问题，则主要由新建院校通过体制改革和创新来解决。首先，各校都把并校看做是学校发展的难得机遇，其着眼点不仅在于可获得国家的重点支持，而且看到了因学校合并而带来的办学优势。特别是在学科结构上，过去单靠自己的力量去逐渐发展理、工、文、医等各个学科专业，现在则完全有可能实现跨越式发展。其次，各校也看到了并校的复杂性。因为并校的优势和机遇，并不都能够成为现实优势，甚至还会转化成劣势。如对改革进程驾驭不当，新旧体制转换和衔接时间过长，磨合矛盾与内耗过大，融合难以向预期的方向发展等，都势必会延缓学校的发展速度。只有实事求是，一切从实际出发，既解放思想，又大胆创新，通过体制创新，才能加速一流大学的建设步伐。
（1）体制上，采用集权和分权的方式，促进学术管理和事务管理的协调运行。合并组建的新学校能否把机遇性优势转变为现实优势、关键是看能否实现实质性融合，即突破一些旧的框框，构建新的办学体制，完成从多个办学实体到一个办学实体的变革。一是实现并坚持五个统一，即统一领导、统一机构、统一制度、统一财务和统一规划，这是实质性合并的关键，是实现实质性合并的第一步，也是我们进行其他各项调整改革的前提和基础。二是管理中心下移，这是调整各层次办学积极性的制度保证。学校在实现五个统一以后，接下来就应该进行院长的设置和调整。如我校根据合校前的各校特色和学科优势，成立了8个学部，每个部下辖5—8个学院，在行政上实行校、院两级管理，缩短了管理链条，减少了管理环节，其中大部分权力下移到学院，变集权管理为集权管理和分权管理相结合。三是借鉴政府、企业改革经验，但不模仿政府的设置样式。因为学校的管理虽然也以人、财、物管理为基础，但它必须服务于学校的宗旨，服务于高校教学和科研，且最大限度地发挥第一线教学骨干的作用，让学术带头人独立地负责任，尽量减少不必要的行政干预。四是力争使学术管理和事务管理协调运行。学校内部管理，按其性质分为两大类，即学术性管理和事务性管理，其中学术性管理包括学校设有各类专门委员会，如学术委员会、学位委员会、教学指导委员会等，它们对职称的晋升、导师的遴选和学位授予及国内外的学术交流具有领导和确定权。
（2）在院系设置上，既要充分考虑各学院的多样性，又要注意学校布局的整体协调性。学院（学部）的设置，首先要有利于学术研究；其次，要有利于教学，有利于高层次人才的培养；再次，要有利于适应社会的需求，为国家和地方经济服务。我校合并后设置了8个学部、32个学院，每个学部所属的各学院之间，都有自由发展的空间，相互支撑，相得益彰，既可使一部分人专心于学术研究，又可让另一部分人直接为经济建设和社会发展做出较大贡献。我们体会到，学院的设置不能搞一刀切，既要尊重各学院（部）的多样性和特色性，以免落入固定套式，出现百校一面、千院一面的固定套式，又要重视全局的协调性，以求大学的均衡发展。我校新组建的药学院就是适应吉林东部地区丰富的天然药物资源的地理优势，在原吉林大学化学合成和原白求恩医科大学基因工程制药基础上发展起来的特色学院，倍受社会关注。在学院的设置上，我们还十分注重本科生和研究生教育的衔接，既保证大学本科毕业生有一定比例直接升入本校读研究生，又保证本科生在校际之间选择大学攻读研究生，把人才培养的“杂交和克隆”有机衔接起来。
三、在学科调整上，既要顺应综合化的发展趋势，又要突出学科发展方向的特色
合并院校不仅要拥有众多的学科门类，而且更重要的是要进行结构上的综合化，即学科间的交叉渗透。如果单纯地追求学科门类的数量，充其量是“散件集装箱”，并不是真正意义上的综合化。因此，合并院校的学科重组和融合必须考虑以下几个问题。
1. 学科建设中的综合化与保持特色是辩证统一的。按学科综合化发展趋势，合并院校都在朝着多科性、综合化方向发展，但各自的学科结构和基础存在差异，同一学科领域的竞争也日趋激烈，这些学科要保持竞争的优势，必须具有自己的比较优势。这就构成了在学科发展方向上寻求特色的可能性与必然性。就拿倍受关注的生命科学领域，如果医学科学与分子生物学、生物化学等学科结合，或与信息材料、环境等学科结合，就会在这些领域中形成自己的特色。以特色取胜，是学校必须坚持的发展战略。
2．学科建设中的雪中送炭与锦上添花同等重要。学科结构的调整关键在于优化。由此，从资源配置上，既要建设和发展一批在学校居龙头地位的优势学科，又要通过学科间的交叉融合与渗透，营造有利于学科共生的学术生态环境，对这些学科的资源配置上应该是锦上添花。然而，就学科发展的不均衡而言，有些学科虽然相当弱，但缺之则不能完成高层次人才培养和科学研究的要求，如医学院的解剖学科，对这些学科雪中送炭相当重要。问题是不能通过对现有资源的稀释来平均分配，暂时缓解其困境，必须通过融合来增强实力，促进其发展。如我校将解剖学科和组织学科有机整合，就明显增强了该学科的实力。
3. 学科建设中的渐进性和跨越式发展机遇并存。所谓跨越式，是针对渐进式而言的。在科学技术的发展过程中，各学科交叉与渗透，大量是以渐进式自然进行的。这次合校，使一些学校在学科布局上跨越了完全依靠自己力量自然发展的缓慢阶段，为学科的交叉提供了很好的基础。问题是如何利用这一优势，实现跨越式发展。没有体制上的突破，很难有研究上的突破。因此，当前的关键是要瞄准领先科学、技术前沿领域，寻找新的增长点，组织多学科、跨学科研究，并且冲破传统的按学科设置的院系体制，组建实体研究中心或实验室，以便为来自不同学科领域的专家在一个宽松的平台上从事开拓性研究创造条件。