1998年，教育部颁布新的《普通高等学校本科专业目录》后，全国普通高等学校普遍进行了本科专业整理和学科专业结构调整工作，取得了明显成效。但是，面对经济全球化进程明显加快，科技进步日新月异，综合国力竞争日益激烈的新形势，面对国家经济社会的发展和“十五”计划的实施，面对高等学校招生规模迅速扩大和高等教育体制改革的突破性进展，进一步调整普通高等学校学科专业结构已经成为今后几年高等教育改革和发展的迫切任务。当前，在高等学校学科专业建设中存在的主要问题是，国家未来发展急需的高新技术类专业人才、高层次经营管理人才供给不足；面向地方经济建设的应用性人才培养薄弱；新兴、边缘、交叉学科的建设和发展重视不够；一些学校重专业外延发展，轻专业内涵建设的倾向严重；高等学校主动适应社会变革需要的自我发展、自我调整的专业管理机制有待形成。为了做好普通高等学校本科学科专业结构调整工作，特提出以下原则意见：
一、新一轮学科专业结构调整是具有鲜明时代特征的全局性、战略性调整。要以主动适应我国经济结构战略性调整、人才市场需求和提高国际竞争能力的需要为出发点，以发展高新技术类学科专业和应用型学科专业为重点，全面进行学科专业结构调整，深化教学改革，努力形成与国家经济、科技和社会发展相适应的高等教育学科专业和人才培养结构，形成与社会主义市场经济体制相适应的学科专业调整机制，促进高等教育适度超前发展。
二、新一轮学科专业结构调整要坚持解放思想，实事求是的原则，促进高等学校主动适应国家经济社会发展对人才培养提出的新要求。国家在建立和完善本科专业评估、提供招生就业信息服务和宏观调控制度的基础上，进一步扩大高等学校学科专业设置自主权。高等学校可根据《高等学校本科专业设置规定》，在《普通高等学校本科专业目录》外设置社会发展急需、已具备培养条件的本科专业。北京大学、清华大学等若干所国家重点建设高等学校，经教育部批准，可自主设置本科专业。
三、优先发展信息科学、生命科学、新材料科学等高新技术类本科专业。有条件的高等学校要根据国家和地方当前发展重点和长远发展战略的需要，优先增加上述本科专业的布点，加快其人才培养。已经设置这些专业的高等学校，要加强专业建设，充实办学条件，提高办学水平和教学质量；优先发展适应加入WTO急需的金融、法律、贸易等类本科专业，着力提高培养质量。
四、大力发展与地方经济建设紧密结合的应用型专业。随着我国高等教育规模的扩大以及产业结构调整步伐的加快，社会对高层次应用性人才的需求将更加迫切。高等学校尤其是地方高等学校，要紧密结合地方经济建设发展需要，科学运用市场调节机制，合理调整和配置教育资源，加强应用型学科专业建设，积极设置主要面向地方支柱产业、高新技术产业、服务业的应用型学科专业，为地方经济建设输送各类应用性人才。
五、鼓励高等学校积极探索建立交叉学科专业，探索人才培养模式多样化的新机制。跨学科设置交叉学科专业，是培育和发展新兴学科的重要途径，也是国际上许多发达国家本科专业建设的共同趋势。鼓励有条件的高等学校打破学科壁垒，在遵循学科专业发展规律和人才培养规律的基础上，积极开展跨学科设置本科专业的实验试点，整合不同学科专业的教学内容，构建教学新体系。要深化专业设置、学籍管理制度改革，进一步完善学分制；探索跨专业、跨院系、跨学校选课制；建立健全第二学士学位、主辅修制等教学管理制度，形成高校人才培养多样化的新格局。
六、提倡部分高等学校，尤其是国家重点建设高等学校进一步拓宽专业口径，灵活专业方向。本科教育应更加注重素质培养。高等学校尤其是国家重点建设高等学校要淡化专业意识，拓宽基础，加强素质教育和能力培养。在符合人才培养规律的前提下，鼓励并支持有条件的高等学校按照《普通高等学校本科专业目录》中的二级专业类设置相关专业或按二级专业类组织招生。在考虑到就业需要的情况下，高等学校可以在宽口径专业内灵活设置专业方向。
七、重视人文社会学科专业的建设和发展。高等学校要进一步提高对人文社会科学在推动国家发展和社会进步中所处地位及重要作用的认识，优化人文社会科学专业人才培养结构，在稳定人文社科基础学科专业并不断提高其人才培养质量的同时，积极开办应用文科专业和新兴人文社科专业。进一步加强人文教育与科技教育的结合，在其结合点上形成新的学科专业方向。
八、要求高等学校加强传统学科专业的改革和改造。传统学科专业的改革、改造是高等学校学科专业建设的重点和难点。在发挥传统学科专业师资力量强、办学经验丰富、教学资源充裕等优势的同时，要不断更新其教学内容、改革课程体系。鼓励高等学校加大使用信息科学等现代科学技术提升、改造传统学科专业的力度，实现传统学科专业新的发展。
九、积极推进西部高等学校学科专业发展，完善西部地区高等教育学科专业结构体系。国家在政策上继续对西部地区高等学校增设专业予以倾斜，加强对西部高等学校学科专业结构调整的规划、指导和支持。
十、采取切实有效措施，保证国家艰苦行业、国防军工以及部分基础学科专业发展所需人才的培养。国家继续支持建立一批上述专业人才培养基地。有关部门(单位)、地方和高等学校应增强全局意识，对具有雄厚实力和办学特色的上述专业，要保证投入，加强建设，提高质量，不断满足国家建设和社会发展对该类人才的实际需要。
十一、各级地方教育行政部门要把本地区高等学校人才培养纳入地区整体经济社会发展计划的大系统中，做好人才预测和统筹规划。在本科专业的设置和管理上，要严格标准、规范程序、加强监督和检查。各高等学校应在国家和地方政府的指导下，从本校的性质、办学定位、服务面向和实际办学条件出发，深入调研、科学论证、合理规划，切实做好学科专业建设和调整工作。同时，在学科专业发展上，要努力探索，形成自主、自检、自律的良性运行机制。