2013年党的十八届三中全会召开后，清华和北大主动请缨，希望在国家深化教育领域综合改革中先行探索。方案内容涉及完善大学治理结构，在办学自主权、人才培养等各项政策上寻求突破。
2014年7月，国家教育体制改革领导小组第十一次会议原则同意清华、北大和上海市“两校一市”的综合改革方案，要求根据会议讨论情况进一步完善。
自从“两校一市”综改消息透露后，浙江大学、上海交通大学和中南大学等高校纷纷向有关部门请缨，部分高校还在第一时间递送了改革方案。与之相随，有一种呼声也日渐强烈：高等教育改革不能有“改革洼地”。也正因此，教育综合改革从最早的“两校一市”扩展到了后来的教育部所有直属高校。
据厦门大学官网2014年10月21日透露，根据教育部要求，直属高校须于2014年年底前，上报本校的综合改革方案，“目前，清华大学、北京大学、浙江大学、上海交通大学、武汉大学已向教育部提交了本校的综合改革方案。”
2014年10月31日，国家教育体制改革领导小组办公室下发关于同意《清华大学综合改革方案》备案的函，这标志着清华大学《综改方案》正式经国家批准，开始进入全面实施阶段。
2014年12月1日，国家教育体制改革领导小组办公室正式批准《北京大学综合改革方案》全面实施。这意味着，北大全面启动综合改革。
2014年9月19日，人民大学启动综合改革动员会。2014年10月21日、23日、27日，人大召开了三次综合改革工作会议专题讨论会，分别讨论了本科教学综合改革及本科招生选拔机制改革、研究生培养改革及学生事务综合改革人事制度改革、人才工作改革及科研体制改革等内容。
（来源：2015-04-03 中国教育网）